※2020年3月2日時点の情報です。情勢は急に変わることがあります。
「日本人がフィリピン入国禁止になる」という噂がありますが、その可能性があるという話がニュースになっただけで、現時点ではフィリピンの渡航禁止国に日本は含まれておりません。以下のエリアに過去14日間以内に滞在(乗り継ぎ含む)した方(日本人含む)は入国が拒否されます。
中国、香港、マカオ、韓国大邱広域市及び慶尚北道清道郡(台湾は解除されました)

セブ島含む観光地においては、現地ツアーやアクティビティ参加などに関し大きな支障はありません。(パスポートの提示や健康状態の確認など行われる場合があります。)また、日本人に対しての差別やいじめなどもないようです。

フィリピン国内のコロナ(COVIDー19)感染者数等については以下のフィリピン保健省特設ページ(英語)をご参照ください。
https://www.doh.gov.ph/2019-nCov